フォルダツリーのフォルダの並び順を変更できますか。

ルートフォルダの並び順は、
管理側＞システム設定＞マニュアル ルートタブ設定内の
「表示順変更」ボタンから可能です。

ルートフォルダ下位の、フォルダツリーの並び順はunicord順に表示されています。
変更することはできません。
ですので、フォルダ名の頭に1、2等番号や文字を振っていただき、意図した並び順に変更してください。